Prelude V, коробка механика, свапнутая.
При отпускании сцепления (при переключении на любую скорость) раздаётся глухой стук в районе коробки, судя по ощущениям.
Примерно такой же стук наблюдается, если машина дёргается при торможении двигателем.
Куда смотреть в первую очередь?